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MICROBIOLOGIA, BIOLOGIA MOLECOLARE, ECOTOSSICOLOGIA (Bio-Ecotox)

Laboratori

Il laboratorio (presso le Sedi di Napoli e Venezia) conduce analisi per la valutazione integrata della qualità ambientale attraverso l’applicazione di biomarker. Misura le alterazioni metaboliche, fisiologiche e comportamentali correlabili all’esposizione di organismi sentinella ad agenti stressogeni, di origine sia antropica che naturale. Esegue analisi quali-quantitative di comunità microbiche marine ed analisi di biodiversità molecolare di comunità mediante tecniche di metabarcoding del DNA, RNA estratto da matrici ambientali (environmental -DNA, -RNA) o da organismi interi. La tassonomia molecolare viene investigata tramite barcoding su singole specie. Il laboratorio esegue inoltre analisi finalizzate allo studio degli effetti di parametri ambientali, dell’impatto antropico e dei cambiamenti climatici sulla biologia riproduttiva di invertebrati acquatici ed applicatecnologie riproduttive in ecotossicologia e per la creazione di banche criogeniche. Le attività del laboratorio sono connesse a quelle dei laboratori di Microscopia, Biogeochimica, Contaminanti e Microplastiche

Tecniche e metodologie

  • Applicazione di biomarker a diversi livelli dell’organizzazione biologica per la determinazione dello stato di salute di organismi bioindicatori e la valutazione integrata della qualità ambientale
  • Analisi di funzionamento microbico (respirazione, attività enzimatiche extracellulari) e analisi di abbondanze microbiche mediante microscopia ad epifluorescenza e amplificazione semi quantitativa (qPCR) di marcatori genetici
  • Analisi di diversità molecolare della componente micro-macroscopica (barcoding e metabarcoding) mediante amplificazione di materiale genetico estratto da matrici ambientali o interi organismi e sequenziamento NGS (es. Oxford Nanopore)
  • Analisi della motilità spermatica morfologia dei gameti, capacità fecondante e di sviluppo larvale, analisi sezioni istologiche per lo studio della biologia riproduttiva di vertebrati ed invertebrati di habitat marino-costieri

Strumentazione

  • Spettrofluorimetro Shimadzo RF6000
  • QBit fluorimetro ad alta risoluzione per quantificazione DNA/RNA
  • Spettrofotometro Shimadzu UV 1280
  • Microspettrofotometro per quantificazione DNA/RNA (Nanodrop, Life Technologies)
  • Centralina per inclusioni Bio-Optica con 3 moduli separati (PF100, DP500, UT200)
  • Centrifughe (Beckman Coulter Allegra 64R, Beckman J2-21, Eppendorf 5804 R)
  • Microtomo Leica RM2125RT con? Bagno termostatato
  • Microscopi: Stereo-microscopio Leica S9D e WILD Heerdrug, Microscopio ottico Leica DMLB con telecamera Leica EC3, Microscopi e stereomicroscopi dotati di software per analisi di immagini (SCA® Microptic; NIS-BR Nikon)
  • Termociclatore – PCR Real Time (Quantum Studio, Lifetechnologies)
  • Sistema di elettroforesi capillare su gel di DNA e RNA QIAxcel (Pure Excellence 04/2013)
  • Sistemi di sequenziamento portatile per DNA e RNA (MiniION)
  • Banche criogeniche Deware per conservazione campioni in azoto liquido
  • Microsmometro Löser
  • Microtox® 500

Pubblicazioni

  • Moschino V., Schintu M., Marrucci A., Marras B., Nesto N., Da Ros L., 2017. Ecotoxicological approach to evaluate the effects of tourism impacts in the Marine Protected Area of La Maddalena (Sardinia, Italy). Marine Pollution Bulletin, 122 (1-2), 306-315. DOI10.1016/j.marpolbul.2017.06.062
  • Zoppini A., Bongiorni L., Ademollo N., Patrolecco L., Cibic T., Franzo A., Melita M., Bazzaro M., Amalfitano S., 2019. Bacterial diversity and microbial functional responses to organic matter composition and persistent organic pollutants in deltaic lagoon sediments. Est Coast Shelf Sci. doi.org/10.1016/j.ecss.2019.106508
  • Maggi E., Bongiorni L., Fontanini D., Capocchi A., Dal Bello M., Giacomelli A., Benedetti-Cecchi L.,  2019. Artificial light at night erases positive interactions across trophic levels. Funct Ecology. doi: 10.1111/1365-2435.13485
  • Prato E., Fabbrocini A., Libralato G., Migliore L., Parlapiano I., D’Adamo R., Rotini A., Manfra L., Lofrano G., Carraturo F., Trifuoggi M., Biandolino F., 2021. Comparative toxicity of ionic and nanoparticulate zinc in the species Cymodoce truncata, Gammarus aequicauda and Paracentrotus lividus. Environmental Science and Pollution Research 28: 42891-42900. doi: 10.1007/s11356-021-13712-0

Progetti recenti

Vanessa Moschino, Adele Fabbrocini

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